Bertolak dari Tujuan Umum di atas, dan dengan mempertimbangkan Visi dan Misi, maka Tujuan Khusus pembangunan kesehatan di Provinsi Maluku adalah :

1. Berubahnya mindset tentang “wawasan kesehatan” dari para pengelola pembangunan di bidang kesehatan dan masyarakat pada umumnya, sehingga terbentuk perspektif penanganan permasalahan kesehatan yang profesional dan partisipatif melalui peningkatan kapasitas dan pendayagunaan tenaga kesehatan secara merata, serta pemberdayaan masyarakat dan swasta dalam pembangun-an kesehatan secara merata.

2. Tercapainya masyarakat yang semakin mandiri untuk menghargai kualitas lingkungan sehat dan bebas penyakit, serta berprilaku hidup bersih dan sehat.

3. Terlaksananya pelayanan kesehatan yang adil, merata, terjangkau dan berkualitas, didukung oleh ketersediaan sarana/prasarana yang memadai, dengan pola pendekatan Gugus Pulau dan Laut Pulau, termasuk dalam kerangka upaya meningkatkan pengendalian penyakit menular, tidak menular dan penyehatan lingkungan.

4. Tercapainya peningkatan kualitas manajemen dan jaminan pembiayaan kesehatan, sistem informasi [KIE] serta ilmu pengetahuan dan teknologi.

5. Tercapainya peningkatan ketersediaan, pemerataan, keter-jangkauan, jaminan keamanan, khasiat/manfaat dan mutu obat, perbekalan kesehatan dan makanan serta daya saing produk dalam negeri.

6. Tercapainya peningkatan mutu hidup ibu dan anak yang didukung oleh peningkatan akses pelayanan kesehatan dan gizi dan peningkatan akses pelayanan KB dengan pendekatan Gugus Pulau, secara berkualitas.

7. Tercapainya peningkatan kualitas penelitian, pengembangan dan pemanfaatan bidang kesehatan.