Adapun sasaran pembangunan kesehatan untuk mewujudkan kualitas hidup sehat masyarakat Maluku dalam berbagai aspek secara berkesinambungan, adalah :

1. Pelibatan masyarakat untuk bersama-sama dan secara pro-aktif ikut menanggulangi masalah kesehatan.
2. Optimalisasi ketersediaan sarana dan prasarana kesehatan.
3. Peningkatan kapasitas SDM dan manajemen pembangunan kesehatan
4. Kerjasama lintas sektoral dan penganggaran.